苯扎氯銨毒性小，無積累性毒性，并易溶于水，并不受水硬度影響，因此廣泛應用于石油、化工、電力、紡織等行業(yè)的循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中，用以控制循環(huán)冷卻水系統(tǒng)菌藻滋生，對殺滅硫酸鹽還原菌有特效。苯扎氯銨可作為紡織印染行業(yè)的殺菌防霉劑及柔軟劑、抗靜電劑、乳化劑、調理劑等。